Tres años después de la guerra, Mahito Maki pierde a su madre en un trágico incendio en el hospital. Poco después, su padre se casa con Natsuko, la hermana menor de la madre de Mahito. Sacan a Mahito de Tokio para buscar refugio en la casa familiar rural de su difunta madre. Allí, Mahito es constantemente objeto de burlas por parte de una extraña garza real, que parece haberse interesado en él. Incapaz de aceptar su pérdida y luchando por adaptarse a una nueva vida en un lugar desconocido, el niño se sorprende al descubrir que Natsuko está embarazada. Para empeorar las cosas, la molesta garza puede hablar y afirma que la madre de Mahito todavía está viva. Al atraerlo a una torre misteriosa cerca de la residencia, la garza dice que Mahito puede salvarla de la muerte, pero el niño no se deja convencer fácilmente. Sin embargo, cuando Natsuko desaparece un día, Mahito la ve entrar a la torre y se ve obligado a aventurarse a rescatarla. Pronto se encuentra cayendo en otro mundo debajo del suyo, donde la vida y la muerte parecen estar entrelazadas. Mientras navega por este reino extranjero para encontrar a Natsuko, Mahito debe comprender lo que significa vivir si quiere regresar sano y salvo a casa.