Joe Higan es un Nukenin, un ex ninja que escapó de su clan y se esconde de su pasado violento en la América rural con su familia. Una noche, es emboscado por un equipo de asesinos de su antigua organización que imponen una sangrienta retribución a Joe y su familia por traicionar su antiguo código. Al surgir de su aparente "muerte", Joe resurgirá como su antiguo yo, Ninja Kamui, para vengar a su familia y amigos. Kamui es un ninja del siglo XXI, un sombrío anacronismo que enfrenta sus antiguas habilidades contra armamento de alta tecnología con brutal delicadeza. Debe enfrentarse a asesinos entrenados, cyborgs de combate y ninjas rivales para derribar al mismo clan que lo creó.