La historia gira en torno a Shio Ogura, quien visita Taiwan en una excursión del colegio. Allí, será testigo del ataque de los Invasores Evolucionados. Unos monstruos que ni siquiera el ejército es capaz de detener. Sin embargo, en mitad del caos, aparecen los agentes poseedores del E-Gene, miembros de la organización gubernamental DOGOO. Estos agentes son capaces de utilizar diferentes armas poseídas por espíritus de figuras históricas: Gandhi es un escudo, Newton un artefacto capaz de manipular la gravedad… Será entonces cuando Shio obtenga la habilidad de manejar una de estas armas. En concreto, una ametralladora que posee el espíritu del famoso general japonés, Oda Nobunaga.