La historia tiene lugar en el país del Mineral de Diamante donde Diancie es la princesa. Esta región se encuentra en las profundidades donde los Carbink viven en paz. La energía para subsistir emana del Diamante Sagrado, el cual únicamente puede ser creado por Diancie. Sin embargo, la princesa regente carece del poder para crear un diamante de tal calibre, y el actual se está quedando sin poder, lo que supondría el final de todos los habitantes del reino. Para intentar evitar esto, Diancie se unirá a Ash y Pikachu para encontrar al Pokémon legendario Xerneas, que posee el poder sagrado de la creación, pero, por el camino se encuentran con la crisálida donde se encuentra Yveltal, el Pokémon Destrucción, que arrasó Kalos hace mucho tiempo.
