21 de enero de 18. La inspectora jefe del Departamento de Investigación Criminal, Akane Tsunemori, recibe un informe de un incidente en un barco extranjero: se ha descubierto el cuerpo de la profesora Milicia Stronskaya. Detrás del incidente hay un grupo conocido como Peacebreakers, una organización paramilitar extranjera y una nueva amenaza externa que tiene como objetivo los trabajos de investigación del profesor conocidos como el "Documento Stronskaya". Al reunirse con Shinya Kogami, un ex fugitivo del Departamento de Investigación Criminal, Akane se enfrenta a un caso que rápidamente va más allá de sus expectativas. Los Documentos Stronskaya podrían revelar una verdad que sacudiría al gobierno de Japón, e incluso al Sistema Sibyl, hasta la médula. Es en esta historia no contada donde se revela el eslabón perdido.