A un solitario estudiante de secundaria se le asigna el trabajo a tiempo parcial de su vida como un ninja moderno encargado de realizar asesinatos internacionales. Después de la Segunda Guerra Mundial, el Comando Aliado en Japón desarrolló una nueva agencia para ayudar a gestionar el terrorismo y la violencia en la región del Pacífico. La agencia contaba con ninjas y inicialmente se les asignó la tarea de manejar los asuntos internos. Con el tiempo, ese programa creció hasta su forma actual, gestionando 20.000 ninjas en una variedad de asuntos nacionales e internacionales. Uno de esos ninjas resulta ser Kudo. El perdedor de la escuela secundaria de diecisiete años ahora está preparado para ser la siguiente línea de defensa contra un posible aumento de asesinos extranjeros que invaden Tokio.